Der Deutsche Orden prägte das mittelalterliche Mühlhausen wie kaum eine andere Institution.
Neben umfangreichem Grundbesitz besaß er zwei Standorte in der Alt- und Neustadt und bestimmte das geistliche Leben der Stadt maßgeblich: Alle Innenstadtpfarreien wurden durch Ordenspriester besetzt, bevor im 14. Jahrhundert auch die Vorstadtkirchen unter seine Kontrolle gelangten.
Den Grundstein für diese Glanzzeit legten die Söhne Kaiser Friedrichs II., die dem Orden 1227 die Kirche Divi Blasii und 1243 St. Marien schenkten.
Eng mit diesem Aufstieg verknüpft ist der Name Kristan von Mühlhausen. Nach seinem Eintritt in den Orden im Jahr 1271 wirkte der wohlhabende Adlige als Pfarrer an Divi Blasii und Komtur der Altstadtkommende.
Einen Großteil seines privaten Vermögens investierte er direkt in seine Heimatstadt: Er finanzierte den Neubau der Divi-Blasii-Kirche und der Annenkapelle. Selbst nach seiner Ernennung zum Bischof von Samland und Weihbischof von Mainz hielt er Mühlhausen bis zu seinem Lebensende 1295 die Treue.